Par exemple, certaines protéines avec un domaine SH2 ne se lient avec d'autres protéines que lorsqu'elles sont phosphorylées sur la tyrosine (acide aminé) alors que le bromodomaine reconnait spécifiquement les lysines acétylées.
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Dans les macrophages, les réponses au zymosane comprennent l'induction de cytokines, la mobilisation de l'arachidonate, la phosphorylation des protéines et la formation d'inositol phosphate.
La 3'-phosphoadénosine 5'-phosphosulfate, dont l'anion est couramment abrégé en PAPS, est un dérivé de l'AMP phosphorylé en position 3' et avec un groupe sulfate sur le phosphate de la position 5'.
La phosphorylation de la sphingosine est catalysée par une autre enzyme, la sphingosine kinase, très répandue dans le cytosol et le réticulum endoplasmique de très nombreuses cellules.