De tropische storm Alleta vernielde de stadswallen, in 1998 waren de orkanen Joan en Mitch verantwoordelijk voor aanzienlijke bijkomende schade aan de ruïnes, met de vernieling van 40% van de monumenten, waaronder een voormalig klooster, La Merced, en het fort La Fortaleza.
In October, 1988 Hurricane Joan caused new damages to the ruins, and in October, 1998 Hurricane Mitch affected an estimated 40% of the site, damaging several houses, La Merced convent, and La Fortaleza.WikiMatrix WikiMatrix