Хотя теоретические дискуссии охватили широкий круг аспектов, 3 основные проблемы — это тенденция вызывать аллергическую реакцию (аллергенность), перенос гена и ауткроссинг.
Миграция генов из ГМО-культур в традиционные культуры или родственные виды в природной среде (известная как ауткроссинг), а также перемешивание традиционных культур с ГМО-культурами могут иметь косвенные последствия для продовольственной безопасности.