Men i samband med förordningen visade det sig redan från början att rådet och Europaparlamentet har olika uppfattning om följande aspekter: att ta fingeravtryck på barn upp till sex års ålder med risken att man glömmer bort de kostnader och besvär som föräldrarna skulle ställas inför varje gång barnens fingeravtryck ändras, nya utmaningar när det gäller hur man ska organisera insamlingen av biometriska uppgifter och sist men inte minst bristen på erfarenhet i medlemsstaterna när det gäller att hantera förvaringen av personuppgifter samt risken för tekniska fel.
zauważa, że panuje opinia związana z pierwotnymi doświadczeniami, że ścisłe stosowanie warunków określonych w nowym rozporządzeniu finansowym wobec instytucji takiej jak Parlament, która zarządza jedynie budżetem administracyjnym, prowadzi w niektórych przypadkach do nadmiernie złożonych systemów i przepływów finansowychEuroparl8 Europarl8