No total, os lagos e os rios cobrem cerca de 4 % da superfície terrestre da rede Natura 2000 (cerca de 31 560 km2, uma área maior do que a Bélgica), tendo sido designados para espécies como o salmão-do-atlântico (Salmo salar), a lontra (Lutra lutra), o guarda-rios-comum (Alcedo atthis), o lagostim-de-patas-brancas (Austropotamobius pallipes) e o mexilhão-de-rio pequeno (Unio crassus). Somam-se-lhes ainda tipos de habitats como os cursos de água dos pisos basal a montano, as florestas aluviais, os prados e pradarias húmidos e os sapais.
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